L'ENGEES a pour vocation première de former des ingénieurs et des cadres dont les compétences s'exercent dans les domaines de l'eau, de la protection de l'environnement, de l'équipement rural et de l'aménagement du territoire.
Formation de spécialisation en un an délivrée par l'Ecole Nationale de la Santé Publique, elle débouche sur le diplôme d'Ingénieur du Génie Sanitaire (IGS) pour les candidats déjà titulaires d'un diplôme d'ingénieur.